Microscopía Confocal y Análisis de Imágenes Aplicadas a la Microbiología |

22-29.06.2016 IIBCE, Montevideo, Uruguay

Organización

Paola Scavone, Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable

Ubicación

Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable (IIBCE).
Avenida Italia 3318. CP 11600. Montevideo – Uruguay.

Docentes

  • Pablo Zunino – (IIBCE, Uruguay)
  • Paola Scavone – (IIBCE, Uruguay)
  • Steffen Härtel – (UChile, Chile)
  • Jorge Jara – (UChile, Chile)
  • Mauricio Cerda – (UChile, Chile)

Poster

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Seminarios

Presentación de 2 artículos por grupo:

Seeing is believing? Alison J. North, The Journal of Cell Biology, Vol. 172, No. 1, January 2, 2006 9�18 PDF Document

The Good, the Bad and the Ugly ! Helen Pearson, Nature, 447, May 2007 PDF Document

Computational Methods for Analysis of Dynamic Events In Cell Migration. Castañeda V, Cerda M, Santibañez F, Jara J, Pulgar E, Palma K, Lemus CG, Concha M, Härtel S. Current Molecular Medicine, 14(2), 291-307. PDF Document

Objective comparison of particle tracking methods, Nicolas Chenouard et al. Nature Methods 11, 281�289, 2014. doi:10.1038/nmeth.2808 PDF Document

Development of 3D Architecture of Uropathogenic Proteus mirabilis Batch Culture Biofilms – A Quantitative Confocal Microscopy Approach. PDF Document

Fimbriae have distinguishable roles in Proteus mirabilis biofilm formation.Scavone P, Iribarnegaray V, Caetano AL, Schlapp G, Härtel S, Zunino P. Pathog Dis. 2016 Jul;74(5). pii: ftw033. doi: 10.1093/femspd/ftw033. Epub 2016 Apr 17 PDF Document

STED-Microscopy: Concepts for nanoscale resolution in fluorescence microscopy. Hell S. et al (2004) Current Opinion in Neurobiology 4:599-609 PDF Document

PALM-Microscopy: Imaging intracellular fluorescent proteins at nanometer resolution. Betzig et al (2006) Science, 313(5793), 1642-5 PDF Document

Lecturas recomendadas

2014 Scientific Background on the Nobel Prize in Chemistry PDF Document

Microscopio Confocal IIBCE PDF Document

ZEISS Principles of Confocal Microscopy PDF Document

Principles of Fluorescence Spectroscopy PDF Document

Huygens Professional User Guide from SVI: PDF Document Web Site

Intracellular Fluorescent Probe Concentrations by Confocal Microscopy, Finck et al. 1998 PDF Document

IDL/ScianTimeCalc: 1er Manual de Reconstrución 3D WordDocument

Clases

Clases 1A: S Härtel: PDF Document
“Fluorescencia, Microscopía, PSF”

Clases 2: P Zunino: PDF Document
“Relevancia bioógica de los biofilms microbianos”

Clases 1B: S Härtel: PDF Document
“Super-resolución, Teoría del muestreo, Deconvolución”

Clases 3: P Scavone “Preparación de muestras, tinción, sampleo”
“Protocolos” PDF Document Zip

Clases 4: M Cerda: PDF Document
“Modelo de imagen digital y filtros básicos”

Clases 5: M Cerda: PDF Document
“Filtros y segmentación”

Clases 6: P Scavone: PDF Document
“Procesamiento de imágenes para biofilms”

Clases 7: J Jara: PDF Document
“Descriptores Geométricos”

Clases 8: P Scavone: PDF Document
“Dinámica de Biofils”

Clases 9: J Jara: PDF Document
“Colocalización”

Clases 10: J Jara: PDF Document
“Dinámica”

Trabajos prácticos

Practico 1 PDF Document

Practico 2

Practico 3

Grupos

Grupo A

  1. María José González
  2. Yamila Martínez
  3. Esteban Ibarguren
  4. Gabriela Heijo
  5. Patricia Bovio
  6. Nicolás Papa

Grupo B

  1. Ana Laura Caetano
  2. Mauricio Méndez
  3. Lucía Moreira
  4. Laura Sandes
  5. Fabían Aldunate
  6. Andrea Somma

Grupo C

  1. Valentina Carrasco
  2. Nacho Alcántara
  3. Pamela Gutiérrez
  4. Silvia Acosta
  5. Evelyn Falero
  6. Florencia Ottonelli